全自動菌落計數器特點何其多，現在隨著科技的進步，菌落計數技術日趨完善。主要體現在配置越來越高，功能越來越全。計數的速度越來越快，準確性也越來越準確。成像方面，傳統的手動菌落計數器，使用的是放大鏡，一般可放大1.7倍到3倍。圖像處理功能，具有圖像調節，圖像增強，圖像濾波，邊緣檢測，形態學運算等，這些都是傳統的菌落計數器所沒有的。在統計功能方面，不再局限于傳統的數量統計。
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